Miasto i Gmina Niepołomice leżą w powiecie wielickim, na terenie województwa małopolskiego, tuż za południowo-wschodnimi granicami miasta Krakowa i zajmują powierzchnię 95,1 km kw.

Oprócz miasta Niepołomice w gminie miejsko-wiejskiej znajduje się 12 innych miejscowości: Chobot, Ochmanów, Podłęże, Słomiróg, Staniątki, Suchoraba, Wola Batorska, Wola Zabierzowska, Zabierzów Bocheński, Zagórze, Zakrzowiec i Zakrzów.

Gmina graniczy:

• od strony północno zachodniej poprzez Wisłę z Krakowem,
• od strony zachodniej z gminą Wieliczka,
• od strony połnocnej, poprzez Wisłę z gminą Igołomia – Wawrzeńczyce,
• od strony wschodniej z gminą Drwinia,
• od strony południowej i południowo wschodniej z gminą Kłaj,
• od strony południowej z gminami Gdów i Biskupice,
• od strony południowo-zachodniej z gminą Wieliczka.