Wygodny i dostępny transport samochodowy
Niepołomicka Strefa inwestycyjna obecnie posiada wygody system komunikacyjny, który w następnych latach będzie dalej rozwijany, w celu stworzenia spójnego systemu o wysokim standardzie. Obecnie trzonem sieci komunikacyjnej jest wybudowana w miejscu nieczynnej linii kolejowej ul. Władysława Wimmera, będąca obwodnicą Niepołomic. Łączy ona strefę z Drogą Krajową nr 75 i Drogą Wojewódzką 964 w osi północ-południe. Od ul. Wimmera odchodzą inne drogi ściągając na nią główne potoki ruchu pochodzące z firm zlokalizowanych na strefie. Są to ul. Grabska, która prowadzi dalej do Brzegów w Wieliczce oraz ul. Kwiatkowskiego, która łączy ul. Wimmera z obwodnicą Podłęża i autostradą A4.
Transport kolejowy
Gmina Niepołomice położona jest przy linii kolejowej E30, w ramach której funkcjonuje stacja kolejowa PKP w Podłężu. Sąsiaduje ona bezpośrednio z Niepołomicką Strefą Inwestycyjną, dzięki czemu ma potencjał do zapewnienia dostępności transportu kolejowego. Dzięki istniejącej bocznicy kolejowej stacja może być wykorzystywana do transportu materiałów jak i gotowych produktów przez przedsiębiorstwa zlokalizowane w NSI. Jednakże głównym celem stacji jest zapewnienie dostępności do komunikacji w codziennych podróżach do pracy. Ze stacji już teraz korzysta wiele osób dojeżdżających do pracy w Niepołomicach, którzy mieszkają na co dzień w Krakowie, a nawet w pozostałych gminach wchodzących w skald aglomeracji krakowskiej. Połączenie transportu kolejowego z transportem autobusowym pozwala na zwiększenie dostępności do stacji kolejowej dla pracowników zakładów oddalonych od stacji. Dodatkowo w obszarze stacji wybudowano system P&R zapewniający możliwość wygodnego i bezpiecznego pozostawienia samochodu, co zwiększa dostępność komunikacji kolejowej.
Transport publiczny
Oprócz dostępności kolejowej, Niepołomicka Strefa Inwestycyjna wyposażona jest również w system komunikacji publicznej opartej na transporcie autobusowym. Przez Niepołomicką Strefę Inwestycyjną przejeżdża Krakowska linia aglomeracyjna MPK 221, która swój bieg kończy w Krakowskim Płaszowie. Dodatkowo gmina Niepołomice uruchomiła w 2022 roku linię Chobot-Podłęże, która dowozi na teren strefy zarówno mieszkańców miejscowości położonych we wschodniej części gminy, jak i osoby korzystające ze stacji kolejowej w Podłężu. Przez obszar strefy przejeżdża również linia A7, która jest linią metropolitalną należącą do Kolei Małopolskich. Obsługuje ona podróżnych do stacji kolejowej w Podłężu z oddalonej o 30 km od Niepołomic miejscowości Proszowice. Na tej podstawie transport publiczny w Niepołomicach pozwala dotrzeć do NSI zarówno od strony Krakowa, z terenu gminy, jak i z miejscowości ościennych położonych na wschód od Niepołomic.
Transport rowerowy
Oprócz transportu publicznego Niepołomice intensywnie rozwijają również sieć tras rowerowych, które będą obejmować m.in. Niepołomicką Strefę Inwestycyjną. W celu kompleksowego zaplanowania sieci tych tras na terenie gminy w 2022 roku powstało Studium Zintegrowanej Sieci Tras Rowerowych, które zawiera rozwiązana z zakresu infrastruktury rowerowej planowanej do zrealizowania. Działania te mają zwiększyć dostępność strefy pod względem alternatywnych form komunikacji, dzięki czemu częstszym może być wykorzystanie roweru jako codziennego środka transportu do miejsca pracy.